我在WINDOWS下弄的一个.jar可执行程序，在windows下是可以正常运行的。但是到linux下就不能运行了，出现如下错误，不知道是什么问题导致的？

Warning: -jar not understood. Ignoring.
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: ScanFolder.jar
   at gnu.gcj.runtime.FirstThread.run() (/usr/lib64/libgcj.so.5.0.0)
   at _Jv_ThreadRun(java.lang.Thread) (/usr/lib64/libgcj.so.5.0.0)
   at _Jv_RunMain(java.lang.Class, byte const, int, byte const, boolean)       (/usr/lib64/libgcj.so.5.0.0)
   at __gcj_personality_v0 (/sbslog/scaner/java.version=1.4.2)
   at __libc_start_main (/lib64/tls/libc-2.3.4.so)
   at _Jv_RegisterClasses (/sbslog/scaner/java.version=1.4.2)

有人说是64位导致的，但是我在32位下执行同样也是这个问题
在.jar包的META-INF/MANIFEST.MF中已经指定了执行文件的主类。

这个可能是你的编译器的版本造成的原因。因为Linux自带的jdk版本较低，所以在windows下的jar文件可能在linux不能正常运行，包括.class也不能正常使用。安装了高版本的jre 或jdk就好了

编译器版本不对报出的错误一般是 magic number invalid,楼主的程序出错应该是环境变量没有设好的缘故

没找到库文件，看看 classpath 是否没设正确